Presque toutes les portes s’ouvrent aux titulaires du bac scientifique.
La majorité des bacheliers scientifiques rejoignent l’université, avec un penchant très net pour le DEUG de sciences, et plus particulièrement dans les filières sciences et structure de la matière, mathématiques et informatique (MIAS), physique, chimie et sciences de la matière, MASS (mathématiques appliquées aux sciences sociales), sciences de la nature et de la vie. Environ un sixième des bacheliers S qui choisissent l'Université tentent leur chance en médecine. Les autres orientations sont la la filière STAPS et, plus rarement en sciences humaines et sociales, en droit ou en économie-gestion.

Les bacheliers scientifiques intègrent peu les filières courtes, et en particulier les STS. Les IUT ont un peu plus de succès, avec notamment la section informatique, le génie électrique et informatique industrielle (GEII), le génie mécanique et productique et le génie biologique et mesures physiques.

Un bachelier S sur cinq choisit la classe prépa, principalement celles à dominante scientifique. Les filières MPSI et PCSI constituent une bonne préparation à l’entrée dans une école d’ingénieurs, voire dans l’une des prestigieuses Normales sup. Elles sont choisies par plus de la moitié des bacheliers S en prépa, les autres optant pour la filière PTSI et la filière BCPST. Un sixième des bacheliers S se tournent vers la prépa économique et commerciale, en grande majorité l’option scientifique, et quelques pourcents optent pour une prépa littéraire. Enfin, une poignée rejoignent chaque année les écoles d’ingénieurs immédiatement après le bac.